Après des études en flûte moderne où il obtient son Diplôme d'Etat (D.E), Boris KAPFER étudie la flûte baroque (traverso) et la musique ancienne au Conservatoire Royal Supérieur de Musique de Den Haag (La Haye, Pays-Bas) dans la classe de Wilbert HAZELZET et obtient l'Advanced Certificate Bacchelor of Music avec la mention très bien à l'unanimité.

Il a travaillé successivement auprès Serge SAÏTTA, Marc HANTAÏ, Jan DeWINNE, Wilbert HAZELZET et Barthold KUIJKEN.

En 2001, il crée son propre ensemble sur instruments d’époque, LE SALON DE MUSIQUE. L’ensemble se produit dans de nombreux festivals en France et à l'étranger : Algérie, Allemagne, Belgique, Hollande, Italie, Japon, Pologne, Portugal, Suisse.

LE SALON DE MUSIQUE a été sélectionné par le DEPARTEMENT et CONSEIL GENERAL DU RHÔNE dans le cadre de ses "Saisons Culturelles 2005" et "Saisons Culturelles 2008".

En 2004, il crée l’ENSEMBLE BAROQUE DE LYON, lequel se produit auprès des chœurs de la région Rhône-Alpes, comme l’Institut de Musique Sacrée de Lyon, ou encore Les petits chanteurs de la cathédrale Saint-Jean sous la direction de Jean François DUCHAMPS.

Boris KAPFER est régulièrement invité par des ensembles de grandes renommées comme Le Concert Spirituel, dirigé par Hervé NIQUET, L'Ensemble Vocal et Instrumental de Lausanne dirigé par Michel CORBOZ ou encore Matheus (victoire de la musique 2005), dirigé par Jean-Christophe SPINOSI.

Passionné par l’opéra et l’opérette, il travaille auprès de la Compagnie d’Artistes Lyriques Associés de Lyon comme 1ère flûte depuis 3 ans.

Boris KAPFER est par ailleurs chargé de cours à l'Université – La Doua. Il dirige l'Ensemble Instrumental et l'Orchestre Symphonique de la Faculté des Sciences de Lyon depuis 10 ans.